Luca Vedovelli
Biostatistician and researcher (RTDa) in Medical Statistics at the University of Padova. Biostatistico e ricercatore (RTDa) in Statistica Medica all'Università di Padova.
I integrate multimodal biomedical data — clinical, omics, laboratory — and apply statistics, machine learning and AI to personalized medicine, with a focus on the cardiovascular field. Integro dati biomedici multimodali — clinici, omici, di laboratorio — e applico statistica, machine learning e intelligenza artificiale alla medicina personalizzata, con particolare attenzione all'ambito cardiovascolare.
Head of the Laboratory of Statistics in Experimental Sciences (LeSEXP) — Unit of Biostatistics, Epidemiology and Public Health, Dept. of Cardiac, Thoracic, Vascular Sciences and Public Health. Responsabile del Laboratorio di Statistica nelle Scienze Sperimentali (LeSEXP) — Unità di Biostatistica, Epidemiologia e Sanità Pubblica, Dipartimento di Scienze Cardio-Toraco-Vascolari e Sanità Pubblica.
Turning heterogeneous biomedical data into reliable evidence.Trasformare dati biomedici eterogenei in evidenza affidabile.
My research centers on integrating heterogeneous biomedical data — clinical, molecular, omics and laboratory — and on advanced biostatistics, machine learning and AI for personalized medicine. I work on omics and multiomics integration (transcriptomics, proteomics, metabolomics), on harmonizing real-world data from multicentre registries and cohorts, and on handling the missingness and heterogeneity typical of clinical data. La mia ricerca si concentra sull'integrazione di dati biomedici eterogenei — clinici, molecolari, omici e di laboratorio — e su biostatistica, machine learning e intelligenza artificiale per la medicina personalizzata. Mi occupo di integrazione omica e multiomica (trascrittomica, proteomica, metabolomica), di armonizzazione di dati real-world da registri e coorti multicentriche, e della gestione della missingness e dell'eterogeneità tipiche dei dati clinici.
A specific methodological thread is synthetic data generation and augmentation for statistically underpowered settings such as rare diseases and small subgroups: an R framework for realistic single-cell spatial transcriptomics with known ground truth, and a cross-study RNA-seq meta-analysis pipeline where large language models classify textual metadata to enable semi-automatic knowledge extraction and cross-study harmonization. I also value large public biobanks — TCGA, All of Us, UK Biobank, 1000 Genomes — as a source of statistical power and external validation. Un filone metodologico specifico riguarda la generazione di dati sintetici e la data augmentation per contesti a bassa numerosità come malattie rare e sottogruppi clinici: un framework R per trascrittomica spaziale single-cell realistica con ground truth nota, e una pipeline di meta-analisi RNA-seq cross-studio in cui i large language models classificano i metadati testuali abilitando estrazione semi-automatica di conoscenza e armonizzazione tra studi. Valorizzo inoltre le grandi biobanche pubbliche — TCGA, All of Us, UK Biobank, 1000 Genomes — come fonte di potenza statistica e validazione esterna.
I work primarily in R — I am the official translator of the Italian edition of R for Data Science — and I develop open-source, publicly versioned scientific software following FAIR and reproducibility principles. My background as a pharmacologist (PhD, with mass-spectrometry experience for biomarker discovery) is a natural bridge toward translational pharmaceutical sciences. Lavoro principalmente in R — sono il traduttore ufficiale dell'edizione italiana di R for Data Science — e sviluppo software scientifico open-source versionato pubblicamente, secondo i principi FAIR e di riproducibilità. La mia formazione da farmacologo (dottorato, con esperienza di spettrometria di massa per la scoperta di biomarcatori) è un ponte naturale verso le scienze del farmaco traslazionali.
Experience & educationEsperienza & formazione
PositionsPosizioni
-
2023 — presentoggiResearcher (RTDa), Medical StatisticsRicercatore (RTDa), Statistica MedicaUBEP — DCTV, University of PadovaUniversità di PadovaHead of LeSEXP. Study design and omics data analysis on human and animal experimental data.Responsabile del LeSEXP. Disegno degli studi e analisi di dati omici su dati sperimentali umani e animali.
-
2019 — 2023Postdoctoral ResearcherRicercatore post-docUBEP — DCTV, University of PadovaUniversità di Padova
-
2014 — 2019Researcher & Principal InvestigatorRicercatore & Principal InvestigatorPediatric Research Institute "Città della Speranza", PadovaIstituto di Ricerca Pediatrica "Città della Speranza", PadovaCongenital heart disease branch: brain and lung injury under cardiopulmonary bypass; mass-spectrometry biomarker discovery.Ramo cardiopatie congenite: danno cerebrale e polmonare in bypass cardiopolmonare; biomarcatori in spettrometria di massa.
-
2012 — 2013Chief ScientistChief ScientistHydro Technical Engineering, VeronaGreen-chemistry hydrometallurgy, renewables, hydrogen fuel cells.Idrometallurgia in chimica verde, energie rinnovabili, celle a combustibile a idrogeno.
EducationFormazione
-
2020 — 2023Specialization in Health Statistics & BiometrySpecializzazione in Statistica Sanitaria e BiometriaUniversity of PadovaUniversità di Padova — 105/110
-
2009 — 2012PhD in Molecular & Cellular PharmacologyDottorato in Farmacologia Molecolare e CellulareUniversity of PadovaUniversità di PadovaResearch period at Harvard Medical School / Massachusetts General Hospital (2010–2011).Periodo di ricerca alla Harvard Medical School / Massachusetts General Hospital (2010–2011).
-
2002 — 2008MSc in Pharmaceutical Chemistry & TechnologyLaurea in Chimica e Tecnologia FarmaceuticheUniversity of PadovaUniversità di Padova — 99/110
Selected work & a live feedLavori selezionati & feed dal vivo
A few selected works; a live feed pulls my latest indexed articles directly from PubMed.Alcuni lavori selezionati; un feed dal vivo recupera i miei ultimi articoli indicizzati direttamente da PubMed.
SelectedSelezionati
-
Early outcomes of children with univentricular circulation undergoing Fontan surgery: the EuroFontan registry
European Heart Journal · 2026Padalino MA, Constantine A, …, Vedovelli L, Di Salvo G, Vida V, Dimopoulos K
-
White matter injury and neurodevelopmental disabilities: a cross-disease (dis)connection
Progress in Neurobiology · 2020Cainelli E, Arrigoni F, Vedovelli L
-
Detecting neurodevelopmental trajectories in congenital heart diseases with a machine-learning approach
Scientific Reports · 2021Cainelli E, Bisiacchi PS, …, Lanera C, Vedovelli L
-
Machine learning-based analysis of alveolar and vascular injury in SARS-CoV-2 acute respiratory failure
Journal of Pathology · 2021Calabrese F, Pezzuto F, …, Vedovelli L, …, Gregori D
-
Pre-surgery urine metabolomics may predict late neurodevelopmental outcome in children with congenital heart disease
Heliyon · 2019Vedovelli L, Cogo P, Cainelli E, …, Longini M
Latest from PubMedUltimi da PubMed
- Recognition of eating episodes via commercial smartwatch sensors analysis.PLOS digital health · 2026Vedovelli L, Bhuyan MJ, Lanera C, Baldi I, et al.
- Lung aeration and gas exchange in SGA or AGA infants with moderate-severe BPD: secondary analysis of the PATH-BPD study.Chest · 2026Alonso-Ojembarrena A, Loi B, Bonadies L, Cidoncha-Fuertes MLN, et al.
- Model architecture dominates nutritional estimation accuracy in vision-language systems.Scientific reports · 2026Vedovelli L, Pugnaloni S, Lanera C, Sabbatini D, et al.
- Basket and umbrella trials in pediatric precision medicine: a systematic review of designs, opportunities, and challenges.BMC medical research methodology · 2026Khan MR, Stendardo M, Bressan S, Vedovelli L, et al.
- Longitudinal data analysis of lung aeration and gas exchange trajectories in bronchopulmonary dysplasia: the devil is in the details-authors' reply.The Lancet regional health. Europe · 2026De Luca D, Bonadies L, Baraldi E, Vedovelli L, et al.
- Lung aeration and gas exchange in preterm infants developing moderate-to-severe bronchopulmonary dysplasia: a multicentre prospective study from the PATH-BPD cohort.The Lancet regional health. Europe · 2026De Luca D, Bonadies L, Neri C, Loi B, et al.
- Spectral EEG in Congenital Heart Disease: A Case-Control Study in Infants Undergoing Cardiac Surgery.Pediatric cardiology · 2026Cainelli E, Simonato M, Sartori A, Padalino M, et al.
- Smartphone-based digital phenotyping for characterizing post-operative recovery in patients undergoing surgery for cervical myelopathy.Frontiers in neurology · 2026Feurer D, Vedovelli L, Moscolo F, Soda C, et al.
Open-source, reproducible toolsStrumenti open-source e riproducibili
R software with automated tests and continuous integration, versioned publicly under FAIR principles.Software R con test automatizzati e integrazione continua, versionato pubblicamente secondo i principi FAIR.
simulomicsr
R · meta-analysisDesign-aware, cross-study RNA-seq meta-analysis. LLM classification of public-repository metadata (GEO / ARCHS4, 700k+ samples) builds paired treated/control comparisons and pools effect sizes with random-effects models.Meta-analisi RNA-seq cross-studio design-aware. La classificazione LLM dei metadati di repository pubblici (GEO / ARCHS4, oltre 700k sample) costruisce confronti appaiati treated/control e ne effettua il pooling con modelli a effetti casuali.
github.com/UBESP-DCTV/simulomicsrgeo_spatialtrans
R · synthetic dataGenerates realistic synthetic spatial and single-cell transcriptomics with known ground truth (negative-binomial overdispersion, Gaussian processes, spatially varying dropout) to benchmark clustering and spatial-domain methods.Genera dati sintetici realistici di trascrittomica spaziale e single-cell con ground truth nota (sovradispersione negative-binomiale, processi gaussiani, dropout spazialmente variabile) per il benchmarking di clustering e domini spaziali.
github.com/lucavd/2025.geo_spatialtransR for Data Science — Italian edition— edizione italiana
R · bookOfficial Italian translation of Wickham & Grolemund's reference textbook, produced with the authors' and publisher's authorization.Traduzione italiana ufficiale del manuale di riferimento di Wickham e Grolemund, realizzata con l'autorizzazione degli autori e dell'editore.
github.com/lucavd/r4ds_ita_1st_edLLMs in Clinical Applications
course · CC BY-NCOpen PhD-course materials on large language models for clinical text — extraction, structuring, and local/API deployment in R.Materiali aperti del corso di dottorato su large language models per il testo clinico — estrazione, strutturazione e deployment locale/API in R.
github.com/lucavd/2025.LLM_phdCourses, direction and academic rolesCorsi, direzione e ruoli accademici
DirectionDirezione
-
2026Director — Advanced Course "REDCap Project Designer & Data Analyst"Direttore — Corso di Alta Formazione "REDCap Project Designer & Data Analyst"University of Padova (first edition)Università di Padova (prima attivazione)
-
2024/25 —Vice-director — 2nd-level Master "Omics Data Analysis"Vicedirettore — Master di II livello "Analisi di dati omici"University of PadovaUniversità di Padova
TeachingInsegnamento
-
2025 · 2026PhD course — Large Language Models in Clinical ApplicationsCorso di dottorato — Large Language Models in Clinical Applications
-
2024/25 —Medical Statistics — Pharmacy & CTF degreesStatistica Medica — Lauree in Farmacia e CTFDept. of Pharmaceutical Sciences, University of PadovaDipartimento di Scienze del Farmaco, Università di Padova
-
2019/20 —Medical Statistics — Biomedical Laboratory TechniquesStatistica Medica — Tecniche di Laboratorio BiomedicoUniversity of Padova (BSc & MSc)Università di Padova (triennale & magistrale)
Stack & affiliationsStack & affiliazioni
Statistics & codeStatistica & codice
R (package dev, Quarto, targets, renv)(sviluppo pacchetti, Quarto, targets, renv), Python, SQL, Matlab. Git & CI (GitHub Actions), Docker, Linux.
HPC & AIHPC & IA
GPU/HPC clusters (NVIDIA DGX H100), Slurm, local LLM deployment (vLLM, LM Studio), large-scale data (Parquet/Arrow, HDF5). REDCap for clinical databases.Cluster GPU/HPC (NVIDIA DGX H100), Slurm, deployment locale di LLM (vLLM, LM Studio), dati su larga scala (Parquet/Arrow, HDF5). REDCap per database clinici.
Affiliations & languagesAffiliazioni & lingue
Member of ASA, AIE, BDVA, ESPNIC. Italian (native), English (C1–C2), German & Spanish (basic).Membro di ASA, AIE, BDVA, ESPNIC. Italiano (madrelingua), inglese (C1–C2), tedesco e spagnolo (base).
Get in touchMettiamoci in contatto
Open to collaborations on study design, omics and multimodal data, and AI methods for clinical research.Aperto a collaborazioni su disegno degli studi, dati omici e multimodali, e metodi di IA per la ricerca clinica.